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Protein Fuctional Classification


1. Project Overview

  현재 유전체 정보를 분석하기 위하여 주로 활용하고 있는 도구는 NCBI BLAST라고 할 수 있다. 실험자들이 어떤 서열 개개를 분석할 때는 BLAST 웹 인터페이스를 통해서 가능하지만, 대량의 데이터를 분석할 때는 자동화 시스템의 도움없이는 어렵게 된다. BLAST를 통한 서열 상동관계(homology)의 분석을 위한 자동화 시스템은 몇몇 발표되었지만, 단백질 기능 분류 측면에서의 분석 시스템은 아직까지 나오지 않은 실정이다. 생명체 내에서 직접적인 기작을 일으키는 요소는 단백질이므로, 단백질 서열의 기능의 분류가 생물학 연구의 매우 중요한 분야라고 할 수 있다.

 이를 위해, 생물학 전공자들의 지식을 기반으로 분류 사전을 구축하고, 이를 통해 어떤 서열의 BLAST 결과를 단백질 기능별로 태깅을 하는 여과 과정을 해주는 시스템의 개발이 필요하다. 또한 그 결과물을 생물학자들이 검토하여 수정을 가해 분류 사전이 더 정제화되고 여과 과정의 효율성및 정확성을 높일 수 있는 알고리즘의 개발이 필요하다.

  본 연구에서는 EST (Expressed sequence tags)의 BLAST 서열 상동관계 분석 결과를 토대로 EST에 단백질 기능을 매길 수 있는 시스템의 개발을 목표로 한다. 어떤 종의 서열에 대해 단백질 기능을 밝혀내기 위해 DNA 칩의 결과와 단백질 기능 분류 시스템의 결과를 연동시키는 복합 시스템의 구성을 추가 목표로 한다.

 

2. Abstract of Protein Fuctional Classification System

 

3. Project Objective

  EST 의 BLAT 분석 결과를 토대로 단백질 기능 분류를 해주는 1차 여과 시스템을 만드는 것을 목표로 한다.


4. Publications
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Project Title

텍스트 기반 및 서열 클러스터링에 의한 단백질 분류

Sponsor

생명공학연구원

Duration

2000. 9. - 2001. 5.

Principal Investigator

Prof. Byoung-Tak Zhang

Researchers

Sung-Dong Kim
Jang-Min O
Dong-Yeon Cho
Tae-Jin Jeong
Seung-Woo Chung


Contact

Jang-Min O

E-Mail

jmoh@bi.snu.ac.kr

Phone

+82-2-880-1847

Fax

+82-2-875-2240


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Last update: May 17, 2001.